Fast der gesamte fränkische Kleinadel wechselte um 1525 zum 'Protestantismus' (Protestanten: 1529 Reichstag in Speyer - Anhänger Luthers protestieren gegen die Nichtanerkennung). So auch der letzte Graf v. Rieneck. Da die Verhandlungen zwischen ihm und Hirsau über einen Verkauf von Schönrain im Jahre 1526 zu einem langjährigen Kurien- und Reichskammergerichts-Prozeß führten, zog Graf Philipp kurzerhand das Gesetz des Handelns an sich, „ließ die Klosterkirche in Schönrain niederreißen und nur die Wohngebäude wiederherstellen, die er als Witwensitz seiner Gemahlin bestimmte". Da der Ehe Philipps mit Margareta Schenk von Erbach Kinder versagt blieben, bestimmte er in seinem Testament vom 17. Februar 1541, das „Haus" Schönrain mit den zugehörigen Dörfern solle - nach seinem und seiner Ehefrau Ableben - an die Schwester seines Vaters, Amalie, die Gattin des Grafen Philip von Isenburg-Ronneburg, und dann an deren Sohn Anton übergehen'.

Wenn auch Kaiser Karl V. diese „Rieneck'schen und Isenburg'schen letztwilligen Dispositionen" genehmigt hatte, so lagen diese Dinge für das Bistum-Hochstift Würzburg näher - und damit schwieriger. Hatte schon Fürstbischof Konrad von Thüngen sich gegen den geplanten Verkauf Schönrains im Jahre 1526 mit einem Kurienprozess gestellt, so zeigte sich jetzt Fürstbischof Konrad von Bibra zurückhaltend, weil die Grafen von Rieneck im Gefüge der Würzburger „Erbhofämter" die Obertruchsessen des Herzogtums Franken waren. Die beiderseitigen Vertrauensleute, für Würzburg Wilhelm von Grumbach, Amtmann von Stadtschwarzach und Dettelbach, für Rieneck Eberhard Rüdt von Collenberg, Hofmeister von Kurmainz, erreichten eine mittlere Lösung, die mit Urkunde vom 5. Mai 1544, besiegelt von Fürstbischof Konrad, Domdekan, Domkapitel und Graf Philipp von Rieneck, Rechtskraft erhielt':
„Da von Alters her die Grafen von Rieneck Erbtruchsessen des Herzogtums zu Franken gewesen waren, so sollten Graf Philipp und seine mannlehenbaren Leibeserben - oder, so er nur Töchter hinterließe, der Gemahl der Ältesten, sofern er dem Grafenstande angehöre - des Hochstifts Erbtruchsess sein. Hiezu sollte aber das gewesene Kloster Schönrain und die Dörfer Hofstetten, Massenbuch und Halsbach - außer dem Mainzolle, der vom Heiligen Reiche zu Lehen geht - gehören; auch solle mit dem Erbtruchsessenamt der Wildbann über die zu Schönrain und den genannten Dörfern gehörigen Waldungen verbunden sein, da der Wildbann über die Klosterwaldungen früher dem Stifte Würzburg vermöge kaiserlicher Freiheit als freies, nützliches Eigentum zustand. Hiezu sollte noch ein Geldreichnis von jährlich 150 Gulden kommen, welche aus der fürstlichen Kammer zu entrichten seien, womit jedoch eine ältere Verpflichtung zur jährlichen Bezahlung von 40 Gulden an Rieneck erloschen sein sollte. Endlich wurde auch das Küchenmeisteramt mit dem Obertruchsessenamt vereinigt; da aber das Erstere Simon von Thüngen innehatte, so sollte er es von Rieneck zu Lehen nehmen; die Auszahlung der jährlichen 50 Gulden, welche dieses Amt ertrug, hatte Würzburg zu besorgen. Für den Fall, dass Graf Philipp keine lehenfähigen Nachkommen hinterließe, solle dieses Erbtruchsessenamt dem Grafen Anton von Isenburg und seinen mannlehenbaren Leibeserben zufallen, welche es von dem Bischof von Würzburg zu empfangen hätten".